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7月11日ღღ✿ღღ,由临港实验室牵头ღღ✿ღღ,联合上海科学智能研究院ღღ✿ღღ、上海交通大学ღღ✿ღღ、东京大学国际神经智能研究中心等多家单位凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ,共同发布了全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型BrainBeacon凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ。
生命科学中的细胞“语言”由DNAJEALOUSVUE进不去ღღ✿ღღ、RNAJEALOUSVUE进不去凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ、蛋白质和基因表达等分子“词语”构成ღღ✿ღღ。开发基于这种特殊“语言”的人工智能(AI)细胞大模型ღღ✿ღღ,不仅可以帮助我们深入解析疾病机制JEALOUSVUE进不去ღღ✿ღღ,还能加速药物靶标发现ღღ✿ღღ。
当前ღღ✿ღღ,单细胞转录组大模型已经能够整合数千万细胞数据ღღ✿ღღ,实现了跨器官ღღ✿ღღ、跨物种的通用细胞表征ღღ✿ღღ。空间单细胞转录组技术则进一步突破了单细胞转录组的局限ღღ✿ღღ,能够更全面地揭示细胞间互作和微环境调控机制凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ,但目前尚未出现全面的空间转录组基础模型ღღ✿ღღ。
研究团队此次开发的BrainBeaconღღ✿ღღ,模型训练基于横跨4个物种(人ღღ✿ღღ、食蟹猴ღღ✿ღღ、狨猴ღღ✿ღღ、小鼠)和5种主流空间组学平台的数据ღღ✿ღღ,覆盖总面积超过210000平方毫米的全脑空间转录组数据ღღ✿ღღ,细胞总数超过1.33亿ღღ✿ღღ。
模型采用双阶段Transformer架构ღღ✿ღღ,分别模拟细胞内部基因依赖与细胞之间空间依赖ღღ✿ღღ,实现统一的跨物种表征学习ღღ✿ღღ,且在多个平台和物种的公开数据集上实现了高精度的零样本空间细胞分类能力ღღ✿ღღ,表现优于现有主流模型JEALOUSVUE进不去凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ。
此外ღღ✿ღღ,BrainBeacon可通过“参考引导微调”机制ღღ✿ღღ,在某一物种高质量空间图谱上进行微调后ღღ✿ღღ,迁移预测其他物种的大脑组织切片ღღ✿ღღ,准确识别同源亚型与脑区结构ღღ✿ღღ,探究多物种之间的保守性JEALOUSVUE进不去ღღ✿ღღ。其内置的“空间数字扰动”功能凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ,则突破了传统组学扰动仅限于细胞内部的局限ღღ✿ღღ,可模拟细胞和邻域微环境之间的双向扰动ღღ✿ღღ。
研究团队表示ღღ✿ღღ,BrainBeacon的发布标志着空间转录组进入“结构重建+状态干预”双轮驱动时代ღღ✿ღღ,也将成为连接“智能感知—空间理解—干预预测”的关键桥梁凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ。其高通量训练能力ღღ✿ღღ、泛化表示结构与虚拟实验平台凯发K8国际娱乐ღღ✿ღღ,可为跨模态图谱构建ღღ✿ღღ、疾病机制建模ღღ✿ღღ、AI靶标筛选与药物发现ღღ✿ღღ、多物种智能脑图谱基座模型建设等多个研究方向提供基础ღღ✿ღღ。
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